Organi zavoda so:
- svet zavoda,
- direktor zavoda,
- strokovni direktor zavoda,
- strokovni svet zavoda.
Predsednik sveta zavoda se izvoli izmed predstavnikov ustanovitelja.
Člane sveta zavoda, ki predstavljajo delavce zavoda volijo delavci na splošnih volitvah, in sicer:
- enega izmed zdravnikov,
- enega izmed ostalih delavcev bolnišnice.
Člani sveta zavoda se izvolijo oziroma imenujejo za mandatno dobo štirih let in so lahko po preteku mandatne dobe ponovno izvoljeni oziroma imenovani.