Organi zavoda so:
- svet zavoda,
- direktor zavoda,
- strokovni direktor zavoda,
- strokovni svet zavoda.
Predsednik sveta zavoda se izvoli izmed predstavnikov ustanovitelja.
Člane sveta zavoda, ki predstavljajo delavce zavoda volijo delavci na splošnih volitvah, in sicer dva predstavnika delavcev bolnišnice.
Člani sveta zavoda se izvolijo oziroma imenujejo za mandatno dobo štirih let in so lahko po preteku mandatne dobe ponovno izvoljeni oziroma imenovani.